|
|
Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA
Jurča, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.
|
|
|
Analysis of the dicyemid diversity using amplicon sequencing
FLEGROVÁ, Tereza
Using amplicon sequencing, this study reveals dicyemid diversity around the world as well as within individual cephalopod hosts. A wide number of samples of multiple species were collected to reflect true dicyemid diversity. Heterogeneity primers were designed in order to improve the sequencing performance of the Illumina platform. A complex bioinformatic pipeline was implemented to process non-overlapping reads. The species delimitation methods were used to categorize occurring dicyemid types. Using the output of implemented methods, dicyemid diversity was assessed, proposing new trends opposing the current methodology.
|
|
|
Vliv potravní preference všenek (Phthiraptera: Amblycera) na formování jejich mikrobiomů
ŽIŽKOVÁ, Kateřina
Mikrobiomová rozmanitost žvýkacích vší patří k obecně neprozkoumaným tématům. Tato práce poskytuje první náhled na složení mikrobiomů 15 druhů žvýkacích vší rodu Menacanthus. Zjistili jsme přítomnost dvou dominantních symbiotických bakterií, které se vyskytly téměř u všech druhů. Rovněž jsme porovnali rozmanitost mikrobiomů všenek s různými stravovacími preferencemi (druhy krmení krví a peří). Na základě těchto analýz jsme identifikovali hlavní determinanty formující mikrobiomy všenek rodu Menacanthus. Mikrobiomy jsou zejména ovlivněny druhovou identitou Menacanthus, jejím zeměpisným původem, potravinovou preferencí a rozsahem hostitelského spektra, které vši parazitují.
|
|
|
Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA
Jurča, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.
|
host ::
RSS.